A pesquisa é um componente fundamental nas políticas da UnC e visa a estimular a formação de pesquisadores nas mais diversas áreas do conhecimento humano. É uma atividade necessária e fundamental para a atuação da Universidade do Contestado no contexto socioeconômico da região, bem como para a melhoria constante da qualidade do Ensino.
    Nesse sentido, estimula a formação de grupos de pesquisa que priorizem estudar e encontrar soluções para os problemas regionais nas áreas da saúde, alimentos, meio ambiente, realidade socioeconômica e desenvolvimento regional, educação e cultura, entre outras. O programa de iniciação científica da UnC disponibiliza bolsas do Fundo de Apoio à Pesquisa - FAP e Art. 170, a estudantes da graduação, que são desafiados a desenvolver pesquisas que contribuam para a ampliação do conhecimento científico e resolução de problemas da comunidade regional.